Παρουσιάζονται ευρήματα από προϊστορικές θέσεις σε όλη τη Μακεδονία. Η έκθεση ξεκινάει από την εποχή πριν την εμφάνιση του ανθρώπου με εκμαγεία κρανίων του Μακεδονικού Ουρανοπιθήκου, ενός πρώιμου ανθρωποειδούς, και συνεχίζεται με την Παλαιολιθική Εποχή και το εκμαγείο του διάσημου κρανίου των Πετραλώνων.

Στη συνέχεια παρουσιάζονται η ειρηνική επανάσταση της Νεολιθικής Εποχής και οι σημαντικοί κοινωνικοί μετασχηματισμοί της Εποχής του Χαλκού μέσα από επιμέρους θεματικές ενότητες.

Εκτίθενται αντικείμενα που αφορούν στις πρακτικές επιβίωσης του προϊστορικού ανθρώπου (κυνήγι, αλιεία, γεωργία, κτηνοτροφία), αλλά και πρακτικές που αναπτύχθηκαν στην πορεία εξέλιξης των προϊστορικών κοινοτήτων, όπως η αποθήκευση του περισσεύματος, η τεχνολογία κατασκευής αγγείων και εργαλείων, η μεταλλουργία, οι ανταλλαγές.

Επιπλέον, υπάρχουν θεματικές ενότητες που πραγματεύονται ζητήματα κοινωνικών αντιλήψεων και ιδεολογικών ανησυχιών του προϊστορικού ανθρώπου, όπως η εμφάνιση και ο στολισμός, οι κοινωνικές αντιθέσεις και  η διαχείριση του σώματος μετά τον θάνατο.