Η Διεύθυνση Συλλογών και Εκθέσεων είναι υπεύθυνη για τη διαχείριση, προστασία, μελέτη και εμπλουτισμό των συλλογών του Μουσείου, με στόχο την εκπαίδευση και πολιτιστική καλλιέργεια του κοινού.
Καθορίζει την εκθεσιακή πολιτική, οργανώνει περιοδικές και μόνιμες εκθέσεις και συντονίζει τη συνεργασία μεταξύ των τμημάτων για τη δημιουργία μουσειολογικών μελετών.
Επιπλέον, εξασφαλίζει τη σωστή λειτουργία των τμημάτων, ενθαρρύνει τη χρήση νέων τεχνολογιών και παρουσιάζει ετήσιο απολογισμό του έργου της.
Η Διεύθυνση Συλλογών και Εκθέσεων αποτελείται από τα ακόλουθα Τμήματα: