Το Τμήμα Συλλογών και Εκθέσεων Κεραμικής, Πηλοπλαστικής και Οργανικών Υλικών είναι υπεύθυνο για τη μελέτη, καταγραφή, προστασία και ανάδειξη των μουσειακών αντικειμένων όπως αγγεία, ειδώλια, σκεύη, ομοιώματα αντικειμένων, κοσμήματα, εργαλεία και άλλου είδους τεχνουργήματα κατασκευασμένα από πηλό, φαγεντιανή και γυαλί, αντικείμενα από οργανικό υλικό, όπως ύφασμα, δέρμα, ψάθα, δόντι, οστό, κέρατο, ξύλο, όστρεο, πάπυρο, περγαμηνή κ.ά., που χρονολογούνται από την προϊστορική έως την υστερορωμαϊκή περίοδο.

Επίσης, διαχειρίζεται και υλοποιεί ερευνητικά και συγχρηματοδοτούμενα προγράμματα, οργανώνει μόνιμες και περιοδικές εκθέσεις, αναπτύσσει επιστημονικές και επικοινωνιακές δράσεις και υποστηρίζει την πρόσβαση ερευνητών στο αρχαιολογικό υλικό. Παράλληλα, αξιοποιεί τις τεχνολογίες πληροφορικής για τη διαχείριση των συλλογών, παρέχει εκπαιδευτικό υλικό και διοργανώνει διαλέξεις και συνέδρια.