Το Τμήμα Μελετών και Έργων είναι υπεύθυνο για τη συντήρηση, επισκευή, βελτίωση και εκσυγχρονισμό του κτιριακού συγκροτήματος, των ηλεκτρομηχανολογικών εγκαταστάσεων και του περιβάλλοντος χώρου του Μουσείου. Αναλαμβάνει την εκπόνηση και επίβλεψη σχετικών μελετών, καθώς και την υλοποίηση έργων, προμηθειών και υπηρεσιών.

Παράλληλα, διαχειρίζεται τις διαδικασίες δημοπράτησης, εκτέλεσης και παραλαβής έργων, προσφέροντας τεχνική υποστήριξη και μουσειογραφικές μελέτες για τις εκθέσεις. Μεριμνά για την προσβασιμότητα των ατόμων με αναπηρίες, την ενεργειακή βελτιστοποίηση και τη συνολική καλή κατάσταση των χώρων του Μουσείου. Τέλος, συμβάλλει στην προετοιμασία έργων για ένταξη σε συγχρηματοδοτούμενα προγράμματα και φροντίζει την καθαριότητα και την ευπρεπή εικόνα των εκθεσιακών χώρων.