Το Τμήμα Οικονομικής Διαχείρισης του Μουσείου είναι υπεύθυνο για την οργάνωση και λειτουργία του Λογιστηρίου, τη σύνταξη και εκτέλεση του προϋπολογισμού, τη μισθοδοσία, τη διαχείριση των ασφαλιστικών και φορολογικών υποχρεώσεων, την τήρηση των οικονομικών αρχείων και την οργάνωση του Ταμείου.

Επιπλέον, αναλαμβάνει τον έλεγχο των προμηθειών, τη διαχείριση των εσόδων και της περιουσίας του Μουσείου, τη συντήρηση του κεφαλαιουχικού εξοπλισμού, καθώς και την εκτέλεση συμβάσεων προμηθειών και υπηρεσιών. Τέλος, διασφαλίζει τη νομιμότητα των οικονομικών συναλλαγών και συντάσσει σχετικές εκθέσεις ελέγχου.