Το Τμήμα Συντήρησης είναι υπεύθυνο για την προληπτική και επεμβατική συντήρηση των αντικειμένων του Μουσείου, τη λειτουργία των εργαστηρίων συντήρησης, την έρευνα για μεθόδους και υλικά συντήρησης, καθώς και τη μελέτη της τεχνολογίας και φθοράς των αρχαιοτήτων.

Επίσης, εκπονεί μελέτες προστασίας, διατηρεί αρχεία συντήρησης, οργανώνει ερευνητικά προγράμματα και συνεργασίες με ακαδημαϊκά ιδρύματα, και διοργανώνει δράσεις για την προώθηση της επιστήμης της συντήρησης. Συμμετέχει επίσης σε εκπαιδευτικά προγράμματα και παράγει εκμαγεία αντικειμένων για επιστημονικούς σκοπούς.