Το Τμήμα Ψηφιακών Εφαρμογών και Καινοτόμων Υπηρεσιών είναι αρμόδιο για την έρευνα και τον σχεδιασμό καινοτόμων ψηφιακών εφαρμογών αρχαιολογικού και πολιτιστικού ενδιαφέροντος, για τη διαχείριση και την καλή λειτουργία των εφαρμογών πολυμέσων του μουσείου και γενικότερα για τη βελτίωση της προσβασιμότητας και την αναβάθμιση της μουσειακής εμπειρίας των επισκεπτών.
Επιπλέον, συνεργάζεται με τα υπόλοιπα τμήματα του μουσείου και με ερευνητικούς φορείς της Ελλάδας και του εξωτερικού για την υποβολή προτάσεων και την υλοποίηση ψηφιακών έργων στο πλαίσιο ευρωπαϊκών και διεθνών ερευνητικών προγραμμάτων. Τέλος, αναπτύσσει τεχνολογίες διαδικτύωσης με άλλα μουσεία και πολιτιστικούς οργανισμούς.
